Il 5S organizza uno spazio di lavoro in cinque fasi, denominate in giapponese e convenzionalmente tradotte mantenendo l'iniziale: Seiri (selezionare), Seiton (ordinare), Seiso (pulire), Seiketsu (standardizzare), Shitsuke (sostenere).
Selezionare rimuove ciò che non serve anziché riordinarlo. Ordinare assegna a ciò che rimane un posto ben definito, posizionato in base alla frequenza d'uso. Pulire significa considerare la pulizia come un'ispezione — è così che si individuano perdite e usura. Standardizzare rende la disposizione abbastanza esplicita da permettere a chiunque di riprodurla. Sostenere la mantiene attraverso la routine e l'audit anziché con l'entusiasmo.
Viene ampiamente frainteso come un semplice riordino. Lo scopo effettivo è rendere visibile l'anomalia: in uno spazio di lavoro in cui ogni cosa ha un posto, uno strumento mancante o un elemento inaspettato si notano in pochi secondi. In uno disordinato gli stessi segnali sono invisibili e i problemi emergono in ritardo. Diversi altri strumenti Lean presuppongono la capacità di notare rapidamente le deviazioni, ed è per questo che il 5S tende ad essere applicato per primo.
La maggior parte dei tentativi si ferma dopo la terza S. Selezionare, ordinare e pulire producono un cambiamento visibile e un'ottima foto; senza standardizzare e sostenere, lo spazio di lavoro si ripristina nello stato precedente entro un trimestre, e il tentativo fallito rende quello successivo più difficile da far accettare.