El 5S organiza un espacio de trabajo en cinco pasos, nombrados en japonés y traducidos convencionalmente para mantener la inicial: Seiri (clasificar), Seiton (ordenar), Seiso (limpiar), Seiketsu (estandarizar) y Shitsuke (disciplinar).
Clasificar elimina lo que no se necesita en lugar de simplemente acomodarlo. Ordenar asigna a lo que queda un lugar definido, ubicado según su frecuencia de uso. Limpiar implica entender la limpieza como una inspección: así se detectan fugas y desgaste. Estandarizar hace que la disposición sea lo suficientemente explícita como para que cualquiera pueda reproducirla. Disciplinar la mantiene a través de rutinas y auditorías, en lugar de depender del entusiasmo.
Suele malinterpretarse como una simple limpieza general. Su propósito real es hacer visible cualquier anomalía: en un espacio de trabajo donde todo tiene su lugar, la falta de una herramienta o la presencia de un objeto inesperado se detectan en segundos. En uno desordenado, estas mismas señales son invisibles y los problemas salen a la luz demasiado tarde. Otras herramientas de Lean asumen que se pueden detectar las desviaciones rápidamente, razón por la cual el 5S suele aplicarse en primer lugar.
La mayoría de los intentos se detienen tras la tercera S. Clasificar, ordenar y limpiar producen un cambio visible y una buena fotografía; sin estandarizar y disciplinar, el espacio de trabajo vuelve a su estado anterior en tres meses, y el intento fallido dificulta la aceptación del siguiente.