5S järjestää työpisteen viidessä vaiheessa, jotka on nimetty japaniksi ja pidetään yleensä samoilla alkukirjaimilla: Seiri (lajittele), Seiton (järjestä), Seiso (puhdista), Seiketsu (standardoi), Shitsuke (ylläpidä).
Lajittelu poistaa tarpeettomat tavarat siivoamisen sijaan. Järjestäminen antaa jäljelle jääneille asioille tietyn paikan käyttötiheyden mukaan. Puhdistaminen tarkoittaa siivousta tarkastuksena — näin löydetään vuodot ja kulumat. Standardointi tekee järjestelystä niin selkeän, että kuka tahansa voi toistaa sen. Ylläpito pitää sen voimassa rutiinien ja auditointien avulla mielialasta riippumatta.
Sitä pidetään usein virheellisesti pelkkänä siivouksena. Todellinen tarkoitus on tehdä poikkeamista näkyviä: työpisteellä, jossa kaikella on paikkansa, puuttuva työkalu tai ylimääräinen esine havaitaan sekunneissa. Epäjärjestyksessä samat signaalit ovat näkymättömiä ja ongelmat tulevat esiin liian myöhään. Useat muut Lean-työkalut edellyttävät, että poikkeamat havaitaan nopeasti, minkä vuoksi 5S toteutetaan yleensä ensimmäisenä.
Useimmat yritykset pysähtyvät kolmannen S:n jälkeen. Lajittelu, järjestäminen ja puhdistaminen saavat aikaan näkyvän muutoksen ja hyvän valokuvan; ilman standardointia ja ylläpitoa työpiste palaa entiselleen vuosineljänneksen kuluessa, ja epäonnistunut yritys tekee seuraavan myymisestä vaikeampaa.
