5S porządkuje miejsce pracy w pięciu krokach, nazwanych po japońsku i tłumaczonych tak, aby zachować pierwszą literę: Seiri (selekcja), Seiton (systematyka), Seiso (sprzątanie), Seiketsu (standaryzacja), Shitsuke (samodyscyplina).
Selekcja usuwa to, co niepotrzebne, zamiast to porządkować. Systematyka wyznacza pozostałym rzeszom określone miejsce zależnie od częstości użycia. Sprzątanie oznacza czyszczenie połączone z inspekcją — w ten sposób wykrywa się wycieki i zużycie. Standaryzacja utrwala układ w sposób jasny dla każdego. Samodyscyplina utrzymuje go poprzez rutynę i audyty, a nie chwilowy entuzjazm.
Metoda ta bywa błędnie utożsamiana ze zwykłym sprzątaniem. Celem jest uwidocznienie odchyleń: w miejscu pracy, gdzie wszystko ma swoje miejsce, brakujące narzędzie jest zauważalne w kilka sekund. W chaosie te same sygnały są niewidoczne i problemy ujawniają się za późno. Wiele innych narzędzi Lean wymaga szybkiego dostrzegania odchyleń, dlatego 5S wdraża się na początku.
Mniej udane próby kończą się na trzecim kroku. Selekcja, systematyka i sprzątanie dają widoczny efekt i świetne zdjęcie; bez standaryzacji i samodyscypliny miejsce pracy wraca do poprzedniego stanu w ciągu kwartału, utrudniając kolejne wdrożenia.